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文化遺產 22自然遺產 5
日本共有 27 項世界遺產（文化遺產 22、自然遺產 5），數量居世界第十一（與美國並列）。地圖上的點：滑鼠指到或點一下顯示名字；點下面列表裡的名字，地圖上對應的點會顯示出來。按入選年份排列。
- 法隆寺地區的佛教建築 Buddhist Monuments in the Horyu-ji Area 法隆寺地區位於日本奈良縣，約有 48 座佛教建築，部分建於 7 世紀末至 8 世紀初，是世界上現存最古老的木結構建築之一。它們展示了佛教建築傳入日本後與本土風格結合的過程，對日本佛教藝術影響深遠。
- 姬路城 Himeji-jo 姬路城位於日本兵庫縣，是 17 世紀初日本城郭建築中保存最好的範例，由 83 座建築組成，防禦體系完備。其木結構建築兼具實用功能與優美的外觀。
- 屋久島 Yakushima 屋久島位於日本九州南部海上，處於舊北界與東洋界生物區系的交匯處，有約 1,900 種植物和亞種，包括樹齡極高的屋久杉。島上還保留著該地區獨有的暖溫帶古老森林。
- 白神山地 Shirakami-Sanchi 白神山地位於日本本州北部，是人跡罕至的山區，保留著曾遍布日本北部的西博爾德水青岡（山毛櫸）冷溫帶原生林的最後殘餘。林中棲息著黑熊、日本羚羊和 87 種鳥類。
- 古都京都的文化財（京都、宇治、大津） Historic Monuments of Ancient Kyoto (Kyoto, Uji and Otsu Cities) 古都京都的文化財分布在京都、宇治和大津三市。京都建於公元 794 年，仿照中國古都規劃，到 19 世紀中葉一直是日本的都城，眾多寺院、神社和庭園展示了日本木結構建築和造園藝術的發展。
- 白川鄉和五箇山的歷史村落 Historic Villages of Shirakawa-go and Gokayama 白川鄉和五箇山位於日本本州中部的山區，長期與外界隔絕。村中的合掌造民居有陡峭的茅草屋頂，居民靠種桑養蠶為生，這類大型民居在日本別處沒有。
- 廣島和平紀念碑（原爆圓頂） Hiroshima Peace Memorial (Genbaku Dome) 廣島和平紀念碑（原爆圓頂）是 1945 年 8 月 6 日原子彈爆炸中心區域內唯一留存的建築，保持著遭爆炸後的原狀。它是人類史上首次使用核武器的見證，也象徵著對和平的期望。
- 嚴島神社 Itsukushima Shinto Shrine 嚴島神社位於日本瀨戶內海的嚴島（宮島），這裡自古就是神道聖地。現存神社建於 12 世紀，建築沿海岸錯落布置，海中的大鳥居是其標誌，體現了建築與自然環境的協調。
- 古都奈良的文化財 Historic Monuments of Ancient Nara 奈良在 710 至 784 年間是日本的都城，國家政權體制在此確立，成為日本文化的發源地。古都奈良的文化財包括佛教寺院、神社和平城宮遺址，展現了當時的政治、宗教和文化生活。
- 日光的神社與寺院 Shrines and Temples of Nikko 日光位於日本栃木縣，其神社與寺院連同周圍的自然環境，數百年來一直是聖地。以東照宮為代表的建築裝飾精美，與德川幕府的歷史密切相關。
- 琉球王國的城堡及相關遺產群 Gusuku Sites and Related Properties of the Kingdom of Ryukyu 這組遺產位於日本衝繩縣，包括 12 至 17 世紀琉球王國時期的城堡（城）遺址、王宮和聖地。城堡遺蹟反映了當時的社會結構，聖地則保留了日本少見的古老宗教形式。
- 紀伊山地的聖地和參拜道 Sacred Sites and Pilgrimage Routes in the Kii Mountain Range 紀伊山地位於日本本州西部，三處聖地——吉野與大峰、熊野三山、高野山——由參拜道相連，並通向古都奈良和京都。它們體現了源於自然崇拜的神道與外來佛教的融合，以及延續千年的山嶽信仰。
- 知床半島 Shiretoko 知床半島位於日本北海道東北部，遺產範圍包括半島中部至尖端的陸地及周邊海域。這裡海洋與陸地生態系統相互作用，海冰帶來的營養支撐起高產的食物鏈，也是海鳥、鮭魚和海洋哺乳動物的重要棲息地。
- 石見銀山遺蹟及其文化景觀 Iwami Ginzan Silver Mine and its Cultural Landscape 石見銀山位於日本本州西南部的島根縣，是一片海拔達 600 米的山地，保存著 16 至 20 世紀大規模採礦、冶煉遺蹟和礦山聚落。遺產還包括通往海港的運輸道路和港口，反映了當時銀的開採對東亞貿易的影響，以及與周圍森林環境相協調的開採方式。
- 平泉：象徵佛教淨土的寺院、園林與考古遺址 Hiraizumi – Temples, Gardens and Archaeological Sites Representing the Buddhist Pure Land 平泉位於日本東北地方的巖手縣，11 至 12 世紀曾是日本北部政權的行政中心。遺產由五處遺址組成，包括中尊寺、毛越寺的寺院與園林以及聖山金雞山，體現了佛教淨土思想在建築與庭園上的表達。
- 小笠原群島 Ogasawara Islands 小笠原群島是東京以南太平洋上的 30 多座島嶼，分為三個島群，從未與大陸相連。島上演化出大量特有的陸生蝸牛和植物，是研究海洋島嶼物種演化的重要地點。
- 富士山：信仰的對象和藝術靈感的源泉 Fujisan, sacred place and source of artistic inspiration 富士山是日本本州中部的孤立火山，常年山頂積雪，長期是朝拜的對象，也啟發了眾多畫家和詩人。遺產包括山體及周邊的 25 處構成要素，體現了富士山的宗教信仰傳統與藝術影響。
- 富岡制絲廠及相關遺蹟 Tomioka Silk Mill and Related Sites 富岡制絲廠位於日本群馬縣，是 19 世紀末至 20 世紀初建立的養蠶和繅絲工業建築群。遺產由四處遺址組成，對應生絲生產的不同環節，體現了日本引進西方技術並向世界大量出口生絲的過程。
- 明治日本的工業革命遺產：鋼鐵、造船和煤炭 Sites of Japan’s Meiji Industrial Revolution: Iron and Steel, Shipbuilding and Coal Mining 明治日本的工業革命遺產由 23 處構成要素組成，主要分布在日本西南部的九州、山口等地。這些鋼鐵、造船和煤炭產業遺址，見證了日本 19 世紀中葉至 20 世紀初的快速工業化進程。
- 勒·柯布西耶的建築作品 The Architectural Work of Le Corbusier, an Outstanding Contribution to the Modern Movement 這一跨國系列遺產由勒·柯布西耶設計的 17 處建築組成，分布在阿根廷、比利時、法國、德國、印度、日本和瑞士七個國家。它們體現了 20 世紀現代主義建築運動的新思想，以及建築語言在全球範圍內的傳播。
- 「神宿之島」宗像·衝之島及相關遺產群 Sacred Island of Okinoshima and Associated Sites in the Munakata Region 衝之島位於日本九州西岸外約 60 公裡的海上，與宗像地區的神社等遺產共同構成對神島的崇拜體系。島上遺址保存幾乎完好，記錄了 4 至 9 世紀祭祀儀式的變遷，反映了古代日本與亞洲大陸之間的交流。
- 長崎和天草地區的潛伏基督徒相關遺產 Hidden Christian Sites in the Nagasaki Region 這組遺產位於日本九州西北部，由 10 個村落、原城遺址和一座教堂組成，年代為 17 至 19 世紀。它們反映了禁教時期信徒秘密保持信仰的傳統，以及禁教解除後教會的重建。
- 百舌鳥和古市古墳群：古代日本的墓葬 Mozu-Furuichi Kofun Group: Mounded Tombs of Ancient Japan 百舌鳥和古市古墳群位於日本大阪平原上方的臺地，包括 49 座古墳，其中有巨大的前方後圓墳。它們是 3 至 6 世紀古墳時代統治階層的墓葬，代表了當時的社會等級和土木技術。
- 奄美大島、德之島、衝繩島北部及西表島 Amami-Oshima Island, Tokunoshima Island, Northern part of Okinawa Island, and Iriomote Island 這處系列遺產由日本西南部琉球群島的奄美大島、德之島、衝繩島北部和西表島四座島嶼的亞熱帶森林組成，總面積約 42,698 公頃。由於島嶼長期隔離，這裡棲息著許多特有且瀕危的物種，如琉球兔和衝繩秧雞，生物多樣性保護價值很高。
- 日本北部的繩紋史前遺址群 Jomon Prehistoric Sites in Northern Japan 這組遺產由日本北海道南部和東北地方北部的 17 處考古遺址組成。遺址證明了繩紋時代延續約 1 萬年的、尚未進入農耕的定居生活及其精神文化。
- 佐渡金山 Sado Island Gold Mines 佐渡金山位於日本新潟縣海岸以西約 35 公裡的佐渡島，由三處構成要素組成，展示了不同的非機械化採金方式。遺產體現了江戶時代金礦開採與冶煉的工藝和相關的礦山聚落景觀。
- 飛鳥和藤原古都 Ancient Capitals of Asuka and Fujiwara 飛鳥和藤原古都位於日本奈良盆地南部，是日本古代兩座都城的所在地，標誌著仿效中國律令制度的中央集權國家的建立。遺產由 19 處構成要素組成，包括宮殿、官署遺址、佛教寺院和古墳。